1、 敦煌種業(yè)被評為農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化優(yōu)秀龍頭企業(yè)。經(jīng)農(nóng)業(yè)部、國家發(fā)改委、財政部、商務部、中國人民銀行、國家稅務總局、中國證監(jiān)會、中華全國供銷合作總社等單位以農(nóng)經(jīng)發(fā) [2005]19 號聯(lián)合發(fā)出《關于表彰全國農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化工作先進單位、先進工作者和優(yōu)秀龍頭企業(yè)的決定》，對在農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化工作中做出突出成績的 100 個先進單位、 335 名先進工作者和 100 家龍頭企業(yè)進行了表彰，并頒發(fā)了獎牌和證書，敦煌種業(yè)作為我市唯一一家、全省四家、全國百家優(yōu)秀龍頭企業(yè)之一受到了表彰。同期，公司經(jīng)農(nóng)業(yè)部評審，于2005年12月被認定為農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)技術創(chuàng)新機構(gòu)。 
    2、 甘肅敦煌種業(yè)果蔬制品建設項目竣工。2006 年 2 月 18 日，公司舉行甘肅敦煌種業(yè)果蔬制品建設項目竣工及敦煌種業(yè)果蔬制品有限公司開業(yè)慶典議式，酒泉市委書記李沛文等領導參加了儀式。項目投產(chǎn)后，可日處理蕃茄醬 35 噸，日產(chǎn)蕃茄粉 12 噸，年產(chǎn)蕃茄粉 3000 噸。目前項目已達產(chǎn)達標，企業(yè)已通過了國際ISO9001質(zhì)量管理體系認證、ISO14001環(huán)境管理體系認證、HACCP（嗨斯庫）管理體系認證和尤太潔食體系認證，產(chǎn)品質(zhì)量均達到了國際質(zhì)量標準。 
    3、 敦煌種業(yè)數(shù)字信息化建設初見成效，公司網(wǎng)站被評為2006中國農(nóng)業(yè)網(wǎng)站100強。近年來，敦煌種業(yè)先后購進高性能服務器和相關配套設施設備以適應現(xiàn)代化辦公、經(jīng)營業(yè)務需要的軟件系統(tǒng)，成立了網(wǎng)絡中心，已初步建成覆蓋全公司21家單位的OA辦公自動化網(wǎng)絡、電算化財務管理網(wǎng)絡和商品棉電子撮合交易及期貨貿(mào)易系統(tǒng)。成立于2005年10月的公司網(wǎng)站現(xiàn)已刊載各類信息千余條，訪問量達百余萬人次，搜索排名已穩(wěn)居前列。2006年，由農(nóng)業(yè)部信息中心、中國互聯(lián)網(wǎng)協(xié)會、中國電子商務協(xié)會聯(lián)合舉辦的“2006中國農(nóng)業(yè)網(wǎng)站100強”評選活動，敦煌種業(yè)網(wǎng)站（www.caobicao8.com）作為酒泉唯一一家企業(yè)網(wǎng)站入選。12月20日， “2006中國農(nóng)業(yè)網(wǎng)站100強頒獎盛典”在北京梅地亞中心召開，敦煌種業(yè)榮獲百強網(wǎng)站稱號。 
    4、 敦煌種業(yè)順利完成股權分置改革。在甘肅省證監(jiān)局的指導下，公司于2006年4月15日開始，正式進入了股改程序。原股改方案兌價標準為每10股送2.8股，方案公告后經(jīng)與流通股股東充分溝通，兌價方案調(diào)整為10送3.2股，非流通股股東向流通股股東兌價共支付2400萬股。兌價完成后，流通股由7500萬股增加到9900萬股，非流通股由11096.64萬減少為8696.64萬股，減少21.63%，持股比例第一大股東將由26.88下降為20.65%，股權分置改革于在9月底順利完成。  
    5、 敦煌種業(yè)號旅客列車開通。8月5日18：30，由敦煌種業(yè)冠名的蘭州～敦煌首趟旅客列車敦煌種業(yè)號（N915/916次）開行儀式隆重舉行。借此機遇，公司加強了鐵路發(fā)運協(xié)調(diào)工作，專門成立鐵路發(fā)運協(xié)調(diào)辦公室，積極協(xié)調(diào)溝通，成功進入了鐵路大客戶名單，產(chǎn)品發(fā)運難的問題得以有效解決。 
    6、 公司深化內(nèi)部管理體制改革。為切有效增強抗風險能力，提升主營業(yè)務競爭力，公司召開品牌與網(wǎng)絡優(yōu)化整合規(guī)劃會議，討論確定了敦煌種業(yè)實施品牌戰(zhàn)略，優(yōu)化整合營銷網(wǎng)絡，建立適應市場經(jīng)濟發(fā)展要求的現(xiàn)代企業(yè)營銷管理體系的措施、辦法和途徑；以精簡機構(gòu)、競聘上崗、降低費用、強化責任、創(chuàng)新機制為目的，研究出臺了《關于深化棉花企業(yè)內(nèi)部管理體制改革的意見》，實行產(chǎn)銷分離經(jīng)營，實現(xiàn)以期貨、電子撮合、集中銷售為主要交易形式，進一步理順了內(nèi)部管理體制。 
    7、 敦煌種業(yè)聯(lián)手美國杜邦成立敦煌種業(yè)先鋒良種有限公司。敦煌種業(yè)股份有限公司與美國杜邦旗下全資子公司—先鋒國際良種公司為整合雙方人才、管理、產(chǎn)品技術和資本優(yōu)勢，共同開拓中國春玉米種子市場而成立的中外合資企業(yè)，雙方共同出資2000萬美元，由敦煌種業(yè)控股,主要從事玉米雜交種的研發(fā)、生產(chǎn)、加工、銷售及與此相關的業(yè)務。其經(jīng)營宗旨是：通過使用雙方的先進技術和專有技術，加強雙方之間的經(jīng)濟和技術合作，生產(chǎn)商品玉米雜交種子以及公司董事會決定的其它產(chǎn)品，提高國內(nèi)市場現(xiàn)有的玉米雜交種子的質(zhì)量。作為中國種業(yè)首家利用國外品種和相關資源、甘肅省第一家與世界500強企業(yè)聯(lián)手、酒泉唯一的一家中外合資企業(yè)，敦煌種業(yè)先鋒良種有限公司集雙方管理優(yōu)勢、技術優(yōu)勢、人才優(yōu)勢、資本優(yōu)勢于一體，充分利用了中國對外開放的優(yōu)越政策和當?shù)氐膬?yōu)越制種資源，具有十分美好的發(fā)展前景。它是敦煌種業(yè)和先鋒公司發(fā)展歷程中的大事，也是酒泉、中國西部乃至全國種業(yè)發(fā)展的重要事件，它為促進種業(yè)走出國門搭建了一個重要的合作交流平臺，對全面提升敦煌種業(yè)的市場形象和競爭實力，加速西部乃至全國種業(yè)發(fā)展，促進酒泉對外開放和推動地方經(jīng)濟再上新臺階等，都具有十分重要的現(xiàn)實意義和長遠戰(zhàn)略意義。 

   8、 敦煌種業(yè)新育成鮮食番茄紅樽1號（T-32）和加工番茄Z00-73兩個新品種并投入經(jīng)營開發(fā)。公司近年利用現(xiàn)代生物工程技術、核輻照技術和航天育種技術，組織實施了一批玉米、西瓜、加工番茄等自主品種選育研發(fā)項目。經(jīng)過幾年努力，育成鮮食番茄紅樽1號（T-32）和加工番茄Z00-73兩個新品種，經(jīng)2004-2006年多點試驗示范表現(xiàn)優(yōu)異，于2006年8月通過市科技局組織的專家鑒定，研究成果分別達到省內(nèi)先進和國內(nèi)先進水平。兩個品種中，鮮食番茄紅樽1號（T-32），果實整齊度高，風味佳，口味酸甜適中，汁含量中等，產(chǎn)量6000kg/畝，豐產(chǎn)、中熟、品質(zhì)優(yōu)良、耐貯運性強、抗晚疫病、灰霉病等病害，適宜在重慶、山東、河南、甘肅省及其相類似區(qū)域進行露地或保護地種植。加工番茄Z00-73屬自封頂早熟品種，適合做番茄醬、脫水番茄加工所用，抗晚疫病、葉霉病，中抗早疫病，適宜于酒泉市、張掖、新疆烏魯木齊、石河子及其相類似區(qū)域種植。兩個品種都已交付公司營銷部門正式經(jīng)營開發(fā)。
    9、 敦煌種業(yè)總部喬遷新址。為解決公司辦公條件，總部于2006年10月7日正式遷入酒泉市肅州區(qū)肅州路28號辦公。
    10、  公司涌現(xiàn)一批先進單位和先進人物。酒泉市委、市政府召開表彰大會，公布了2005年度全市工業(yè)項目和工業(yè)招商引資項目獎勵名單，敦煌種業(yè)年產(chǎn)3000萬條包裝袋生產(chǎn)項目、年產(chǎn)3000噸果蔬粉生產(chǎn)項目，項目引薦人王大和先生獲得重獎。6月28日，中共酒泉市委召開酒泉市紀念中國共產(chǎn)黨成立85周年暨先進性教育活動總結(jié)表彰大會，敦煌種業(yè)酒泉市種子公司經(jīng)理、支部書記張振堂同志被大會授予優(yōu)秀黨員稱號。7月24日，酒泉市人民政府做出決定，授予公司監(jiān)事段學義 “酒泉市重大科技貢獻獎”，頒發(fā)榮譽證書，獎勵10萬元。9月10日，敦煌種業(yè)召開會議，授予敦煌種業(yè)河南新科種子開發(fā)有限公司、敦煌種業(yè)酒泉市種子公司、敦煌種業(yè)安西縣棉花公司先進企業(yè)稱號；授予敦煌種業(yè)種子開發(fā)中心蕃茄育種課題組選育的加工蕃茄品種Z00—73和鮮食蕃茄品種T032科技成果獎；授予李繼剛、孟學義、王維政、王善廣、劉天禎、謝振海、李象春、高德銀等8人優(yōu)秀管理者稱號，授予秦芳、趙建喜、劉國華、殷積斌、李占新、薛臣昌、馮忠、武興耀、于風霞、王天軍、劉青、田正暢、劉銳、陳亞萍、王榮興、王紅梅、何述年、李剛、王成懷、王東、黃相基、王昱、韓多波、肖紅軍、張學彥、王建、俞建斌、殷萬鈞、宋天軍、呂存玉、鄭洪忠、石生江、黨莉、王耀軍、胡金平等35名同志先進工作者稱號。